Mushola SLB-A Pembina Tingkat Nasional Jakarta sebagai pusat kegiatan kerohanian Islam bagi guru dan siswa di sekolah. Setiap hari, siswa dan guru melaksanakan ibadah sholat dzuhur berjamaah di mushola ini.
Selain sebagai tempat ibadah wajib, pada hari Jumat di minggu pertama dan ke 3 setiap bulan dilaksanakan pembelajaran kerohanian islam di pagi hari seperti sholat duha bersama, mengaji atau kajian tentang ilmu agama islam.